马相伯的思想主张主要包括以下几个方面：

改革与国家发展

自上而下的改革：马相伯最初主张通过“自上而下”的方式进行改革，以推动国家进步。

借鉴西学，发展军事：在现实打击下，他认识到需要借鉴西方的科学和军事技术来强化国家实力。

教育与科教兴国

尊重科学，发展教育：马相伯强调科学的重要性，并主张通过发展教育来提升国民素质，最终实现“科教兴国”。

举办高教：他具体提出了举办高等教育的思想，以建立现代化教育体系。

政治与民主

倾向变革，追求民主：马相伯反对独裁和专制，追求民主和自由，提出了“神我宪政说”，即在神学基础上结合社会现实，实现政治变革。

地方自治与民主共和：他倡导地方自治，积极维护民主共和制度，批评武人政治，支持宪政民主。

爱国与抗日

热爱祖国，反对外国侵略：马相伯热爱自己的祖国和中国人民，积极反对任何形式的外国侵略，并在九·一八事变后发表《为日祸告国人书》，号召全国人民共同抵抗日本侵略。

团结抗日：他组织各种爱国救亡团体，如江苏国难会、不忍人会等，被公认为救国领袖。

教育理念与方法

启发式教学方法：在震旦学院，马相伯主张“挈举纲领，开示门径”的启发式教学方法，注重学生的自主研究和立人。

自由研究，自主立人：他继承并发展了“自由研究，自主立人”的精神，倡导学术自由和学生的自主发展。

马相伯的思想主张在不同时期有所演变，但其核心思想可以归纳为改革、教育、民主、爱国和抗日等方面。这些思想不仅在当时具有深远影响，对今天的治国理政仍具有重要的启示意义。