《深空彼岸》的结局主要围绕主人公王萱及其体内最后一颗种子的故事展开。在故事中，王萱化为一棵玉竹，耗尽所有功力，只为救活这颗最后的种子。多年后，姜清瑶从彼岸深空的隐秘空间回到真实世界，在高原上找到了王萱的遗骸，其中有一粒布满裂纹的种子闪烁着微光。这颗种子是王萱体内最后一颗不灭的种子，象征着希望和生命的延续。

此外，关于王煊和林清竹的结局，有读者认为他们在小说结尾处面对宇宙大道的考验，并成功地通过了考验，获得了宇宙大道的认可。也有读者提到王煊最终结婚了，并且实力达到了不可言说的境界。

综合来看，《深空彼岸》的结局展示了主人公的牺牲和奋斗，以及生命的坚韧和不灭的力量。每个角色都有了一个相对圆满的结局，但同时也留下了一些未解之谜和讨论空间。