在《完美世界》这部小说中，荒天帝石昊的妻子是 云曦。云曦是石昊在幼年时就结识的好友，并且后来成为了他的妻子。在石昊成仙或成帝的过程中，云曦一直陪伴在他身边，最终被九天十地以及仙域亿万生灵所认可，成为了万族共尊的帝后。

虽然石昊在小说中有其他红颜知己，如火灵儿和清漪，但她们并没有与石昊结婚。火灵儿是石昊在石村时的玩伴和青梅竹马，而清漪则是上界的一位重要人物，与石昊有着复杂的感情纠葛，但最终并未成为夫妻。

因此，根据小说情节，荒天帝石昊的妻子是云曦。