神奇宝贝火箭队在第四部之后消失的原因主要有以下几点：

剧情转变：

《精灵宝可梦》系列逐渐从以主角小智为中心转变为群像剧，配角和火箭队的戏份因此被逐渐削减。

战力提升：

从《宝可梦：超级愿望》开始，系列的整体战力水平提升，小智经常与大赛选手级别的配角较量，火箭队的小喽啰般的战斗力显得不够看。

反派角色定位：

火箭队作为反派，其逼格和实力不够强大，难以与其他标准反派相提并论，这也导致他们在剧情中的地位逐渐边缘化。

编剧创作压力：

火箭队每一次出场都伴随着新奇的战斗计划和千奇百怪的机器人，这些设定虽然有趣，但也压榨了编剧的灵感，使得火箭队的剧情难以持续创新。

人气与保留：

尽管火箭队逐渐被边缘化，但由于他们极高的人气，官方并未在早期将他们完全撤下，而是在后续剧情中继续保留，但最终还是因为上述原因逐渐消失。

综上所述，神奇宝贝火箭队在第四部之后消失，主要是因为剧情转变、战力提升、反派角色定位不明确、编剧创作压力以及人气与保留之间的矛盾。