明清时期留存至今的重要曲谱包括：

《神奇秘谱》：

由明代朱权于1425年编印出版，是我国最早刊印的琴曲集。

《弦索备考》：

清代蒙古族人荣斋（嘉庆二十四年进士，即公元1819年）编的器乐合奏曲谱，全书六卷，用工尺谱记写，共十三套乐曲，世称《弦索十三套》。

《九宫大成南北词宫谱》：

由庄亲王允禄奉旨编纂，成书于清乾隆十一年，全书82卷，是一部研究南北曲音乐较为丰富的曲谱。

《纳书楹曲谱》：

由清代叶堂子乾隆五十七年编定，共14卷，谱中收有昆曲单折戏、部分折子戏和散曲诸宫调等300余出，另有《玉石堂四梦》曲谱8卷、《西厢记》2卷，是一本重要的戏曲谱集。

《琵琶谱》：

于清嘉庆二十年刊行，共3卷，编者华秋苹，乐谱全称为《南北二派秘本琵琶真传》，又称《华秋苹琵琶谱》，许多名曲如《十里埋伏》、《霸王卸甲》、《海青拿鹤》、《月儿高》等均被收入其中。

这些曲谱不仅是研究中国古代音乐文化的重要资料，也是了解明清时期音乐艺术成就的关键文献。