《阿甘正传》中的珍妮最终死于艾滋病。尽管电影中并没有明确提及“艾滋病”这一名称，但根据剧情背景、人物行为以及后续作品的信息，可以推断出珍妮所患的疾病为艾滋病。

电影背景：

电影上映于1994年，而艾滋病病毒在1981年被首次发现，1983年正式被命名为艾滋病。因此，电影中描述的疾病在现实中对应的是艾滋病。

人物行为：

珍妮的生活经历，包括吸毒和滥交，都是艾滋病的高危行为。这些行为使得她感染艾滋病的可能性大大增加。

剧情发展：

电影中提到珍妮在与阿甘相识后，开始向他倾诉自己的病痛，尽管阿甘对此一无所知，但他始终关心着珍妮，陪伴在她身边。这些情节暗示了珍妮所患的疾病对她的生命造成了严重影响。

后续作品：

在原著小说中，作者明确交代了珍妮患的是艾滋病。虽然电影中并未直接提及，但结合小说和电影的情节，可以推断出珍妮的死因是艾滋病。

综上所述，尽管电影中没有明确提及“艾滋病”这一名称，但根据剧情背景、人物行为以及后续作品的信息，可以推断出珍妮在《阿甘正传》中死于艾滋病。