关于1999年《哥斯拉》动画版的大结局，综合剧情发展可总结如下：

哥斯拉的起源与目的

动画开篇揭示了哥斯拉的起源：其父亲因核试验死亡后，遗体被外星人改造为生化哥斯拉。其核心目的并非主动攻击人类，而是进行生物繁殖活动。

东京大破坏与人类反击

哥斯拉因繁殖需求登陆东京，引发大规模破坏。人类通过高压电网、爆炸等手段进行反击，但哥斯拉突破防御，最终摧毁东京湾设施并喷出白热光，导致东京陷入火海。

关键转折：氧气破坏装置

恵美子发现芹泽博士研发的“氧气破坏装置”（オキシジェン・デストロイヤー），若启动可将水中氧气瞬间耗尽。在人类与哥斯拉激战之际，尾形与惠美子潜入东京湾使用该装置，成功将哥斯拉化为白骨并葬入海底。

结局的隐喻与警示

动画通过哥斯拉的死亡留下小哥斯拉破壳而出的细节，暗示核试验的恶果可能延续，警示人类需停止战争与核试验，否则类似灾难可能再次发生。

总结：

1999年《哥斯拉》以人类胜利告终，但通过哥斯拉的悲剧性起源和结局，隐含对核武器滥用与人类贪婪的深刻反思。