大报恩寺的毁坏涉及多个历史阶段和原因，主要可分为以下三个时期：

一、 太平天国时期（1854-1856年）

太平军主动破坏

太平军在1854年清军攻占雨花台后，为防止清军利用大报恩寺塔的军事优势，先以火药轰击并挖空塔基，导致塔体崩塌，随后引发大火焚毁寺庙。

北王韦昌辉的直接行动

1856年天京之变期间，北王韦昌辉担心翼王石达开占领塔后用于攻城，再次下令炸毁琉璃塔，导致寺庙完全损毁。

二、 清咸丰年间（1856年）

北王韦昌辉的再次破坏

清咸丰六年（1856年），北王韦昌辉为防止石达开利用琉璃塔，与太平军冲突中直接下令炸毁塔体，引发大火焚烧寺庙。

三、 其他历史事件

明朝时期的损毁

明永乐年间（1403-1424年），大报恩寺曾因火灾被焚毁，后由朱棣重建。

清代修复与重建

清康熙、乾隆时期对大报恩寺有修缮，但1856年毁坏后未再重建。

总结

大报恩寺的毁坏主要由太平天国和清军两次重大事件导致：

太平天国：

1854年和1856年两次主动破坏；

清军：1856年参与破坏。

其他历史时期的损毁（如明朝火灾、清代修复）与太平天国和清军的直接军事行动无关。