机动战士高达00剧场版的结局主要讲述了人类与外星生命体ELS之间的冲突与和解，以及个体之间的相互理解和融合。以下是对结局的详细解释：

刹那与ELS的融合

在剧情的高潮部分，刹那·F·清英驾驶着00 Quanta高达，通过提耶利亚辅助的VEDA与机体装备的量子系统与ELS重新进行对话。在全体人类的努力下，刹那终于进入了ELS种子星体，了解了ELS的历史和想学习交流的心。最终，刹那借助00 Quanta高达的空间跳跃能力，到达了ELS的母星，并与ELS进行了融合，达成了相互理解。

和平的实现

在与ELS的融合过程中，刹那和ELS都发生了变化。刹那的空间跳跃能力得到了进一步的提升，而ELS也理解了地球的历史和文化。最终，ELS停止了入侵地球的行动，并与地球人类共同创造了一个和平的世界。屏幕左下方的两行英文“和平不是通过武力换来的，只有相互理解才能实现和平”总结了整个剧作的主题。

人类与变革者的未来

几十年后，地球上超过40%的人类成为了变革者，组织了一次母星探测计划。与此同时，刹那与量子00被ELS同化，回到了地球玛丽娜的住处。两人终于相互理解，最后的镜头是量子00停在花园里，机体覆盖着花朵，象征着和平的实现和人类与ELS的融合。

综上所述，机动战士高达00剧场版的结局通过刹那与ELS的融合，传达了和平不是通过武力换来的，只有通过相互理解才能实现和平的主题。这个结局不仅标志着人类与外星生命的和解，也展示了个体之间的相互理解和融合，为整个系列画上了圆满的句号。