马馥雅在电视剧《倾世皇妃》中最后并没有和任何人在一起。尽管电视剧的最后一幕是马馥雅和孟祈佑在相思湖畔重逢，两人携手相依的幸福画面，但遗憾的是，这只是马馥雅脑中幻想的画面，并非真实发生。

具体来说，马馥雅是楚国公主，后成为蜀国祈佑的皇妃。她一生遇到了两个对她来说十分重要的男人，一个是北汉皇帝刘连城，一个是蜀国皇帝孟祈佑。刘连城对她而言，更像是一个朋友或是亲人，他对她好，深爱着她，甘于牺牲自己来保护她，但马馥雅对他只有感动和感激，她深知这样的情感并不是爱情。而孟祈佑虽然爱上了马馥雅，但两人注定是没有缘分的。在剧情中，孟祈佑为了王座可以不顾一切，但最终发现自己是父王手中的一枚棋子，他为了马馥雅可以放弃一切，但最终两人并没有在一起。

因此，马馥雅最后并没有和任何人在一起，她的爱情之路充满了遗憾和无奈。