乡村公交候车亭的管理归属需根据具体行政区域和管理层级进行区分，主要分为以下两种情况：

一、乡村客运候车亭（招呼站牌）

管理部门

乡村客运候车亭通常由 交通部门（如县级交通运输局）负责管理。该部门负责候车亭的规划、建设、运营及养护维护工作，确保其作为农村客运服务节点的功能正常。

资金来源

建设资金一般由 省交通厅补助与地方财政配套组成。例如，每建成一个候车亭，省级财政补助1万元，不足部分由乡镇财政解决。

职责范围

包括候车亭建设用地规划、建设过程监管、资料报送及运营维护等。

二、城市公交候车亭

管理部门

城市公交候车亭的管理可能涉及多个部门，具体分工因城市而异：

- 公交公司：

通常负责日常运营、维护及广告经营（如外包给广告公司）；

- 城市交通管理部门：部分城市由该部门统一管理，而其他城市可能划归城管、交警或交通部门；

- 政府其他部门：如住建局、规划局、城管局等，可能参与规划、建设或联合执法。

产权归属

城市公交候车亭的产权可能归公交公司所有，但部分城市存在政府监管或所有权归政府的情况，需以具体政策为准。

三、特殊说明

历史遗留问题：

部分废弃候车亭可能因产权不清或政策调整而存在管理空白，需结合当地政府公告或交通部门通知确认；

建设标准：新建或改建道路时的公交站亭需与道路同步规划、建设，涉及多部门协同配合。

建议具体问题咨询当地交通管理部门或公交公司，以获取准确信息。