《凰图腾》的大结局剧情如下：

飞鸿的牺牲：

段飞鸿在经历了一系列的冒险和战斗后，成功地解决了所有问题，只差杀死皇帝就可以结束一切。然而，在这个关键时刻，风燕突然出现并阻止了他。风燕和彩蝶一起掉下悬崖，太后威胁飞鸿撤兵去营救他们。最终，飞鸿为了保护风燕和彩蝶同意了太后的要求，虽然他们成功地把风燕和彩蝶从悬崖上救下来了，但他们自己却不幸被捕。

风燕的选择：

风燕在关键时帮助段飞鸿杀了狗皇帝但却受重伤。在逃亡的时刻，段飞鸿对彩蝶产生了从没有过的感情。最终，风燕和彩蝶带着重伤的风燕乘船逃离，但风燕最终死在了船上。

皇后的位置：

风燕最终回到了皇上的身边，并当上了皇后。虽然风燕当上了皇后，但在某种程度上却无法真正与段飞鸿和彩蝶相伴左右。

飞鸿的释放：

皇上偷偷放走了段飞鸿、彩蝶和风燕。然而，他们并不知道风燕会选择回到皇帝身边。

太后的牺牲：

太后为皇上挡刀牺牲，皇上夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，然而却已经物是人非了。风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现，皇上看到很吃惊。

凤凰的归来：

在故事的最后，凤凰终于完成了自己的使命，回到了天界，让天地间重现了宁静和平的景象。

综上所述，《凰图腾》的大结局是一个充满牺牲和爱的故事，最终风燕成为了皇后，但段飞鸿和彩蝶并未在一起，而是被皇上释放，过上了各自的生活。太后则为皇上挡刀牺牲，凤凰也完成了自己的使命，回到了天界。