飞鹤乳业的总部目前位于 北京。以下是相关信息的综合说明：

注册与历史背景

飞鹤乳业成立于1962年，总部位于黑龙江省齐齐哈尔市，是中国最早的奶粉生产企业之一。2002年，公司成为美国乳业控股有限公司（ADI）在中国的独资企业后，于2004年将总部迁至北京。

北京总部的作用

北京作为总部所在地，承担着公司的战略规划、研发、营销及管理职能。目前，中国飞鹤有限公司（飞鹤乳业的母公司）也在此地设有机构，负责公司整体运营。

其他生产基地

除北京总部外，飞鹤在黑龙江齐齐哈尔、富裕县设有生产基地，并在廊坊建立了物流和加工中心，以支持产品生产和市场供应。

综上，飞鹤乳业的 核心运营中心位于北京，而其历史发源地为黑龙江齐齐哈尔。