在毕业典礼上，校长因下雨而缩短致辞，以下是可能的三句话致辞：

知行合一致良知，德法兼修事上练。这句话强调了知行合一和道德修养的重要性，鼓励毕业生在现实生活中不断实践和学习。

好雨知时节。这句话借用成语“好雨知时节”来表达天气的及时与恰到好处，也隐喻着毕业典礼的适时举行，给毕业生们带来温暖和祝福。

顶天立地做人，脚踏实地做事。这句话激励毕业生要成为一个有担当、有实际行动的人，脚踏实地地走好未来的每一步。

这些致辞简短而富有深意，既体现了校长对毕业生的期望和祝福，又适应了下雨的特殊情况，确保了毕业典礼的顺利进行。