在《黑执事》第二季的结局中，夏尔因与阿洛伊斯·托兰西的契约变成恶魔，但他的灵魂并未消亡。以下是具体解析：

灵魂转移与契约影响

夏尔在失去部分记忆后，其灵魂被托兰西的灵魂借用身体，以完成与汉娜的契约。托兰西的灵魂在夏尔体内与汉娜达成协议：夏尔需堕落为恶魔，其灵魂将转归汉娜所有。

夏尔的变化与记忆丧失

夏尔复活后失去对过去事件（如红执事、索玛之死）的记忆，并对托兰西的宅邸产生陌生感。他的外观也发生了变化，包括指甲变黑、眼睛变红。

灵魂的最终归宿

根据剧情，夏尔堕落为恶魔后，其灵魂最终被汉娜吸收。这一过程与托兰西的初衷一致：阻止塞巴斯蒂安和克劳德获得夏尔的灵魂。汉娜通过吸收夏尔的灵魂，不仅完成了与弟弟路加的契约，还实现了与恶魔化夏尔的结合。

总结：

夏尔的灵魂并未消失，而是通过契约转移给了汉娜，并在堕落为恶魔后与她融为一体。这一设定为后续剧情中汉娜的强权地位埋下伏笔。