隋朝灭亡后，萧太后的去向可综合以下历史记载梳理：

被软禁至洛阳

隋炀帝杨广去世后，天下大乱，各方势力争夺皇位。萧太后（杨氏）作为皇室成员，为保全自身地位，被宇文化及软禁于洛阳。此阶段她未直接参与政权争夺，但处于被控制状态。

随窦建德东归长安

窦建德攻打宇文化及后，萧太后被迎入其阵营。但历史记载中并未明确提及她成为窦建德的妃子，仅说明她随军东归长安。

归唐后结局

唐太宗李世民灭东突厥后，萧太后与幼孙等皇室成员一同返回长安，居于兴道里。她于617年去世，享年57岁，后由唐太宗以皇后礼与炀帝合葬于扬州。

总结：

萧太后在隋朝灭亡后经历了被软禁、东归长安、最终归葬的历程，其人生轨迹与隋末动荡局势紧密相关。