在电视剧《倾世皇妃》中，马馥雅的结局是一个较为复杂且带有遗憾的设定。综合剧情信息，可以总结如下：

结局设定

马馥雅在经历种种波折后，最终未能与孟祈佑修成正果。剧中大结局呈现了她与孟祈佑在相思湖畔重逢的幸福画面，但这一场景被明确标注为“马馥雅的幻想”。这一设定暗示了两人因命运捉弄而无法真正在一起。

关键情节

- 孟祈佑在救马馥雅时中箭落水，剧中未明确提及他是否身亡，但暗示其结局悲惨。

- 另有剧情暗示孟祈佑为王座放弃爱情，例如他最终与多位妃嫔成婚。

情感线索

马馥雅对孟祈佑的爱情贯穿全剧，但两人因身份差异和命运安排无法跨越生死的隔阂。剧中其他角色（如北汉皇帝刘连城、蜀国皇帝孟祈佑的兄弟度云等）虽与她有重要关联，但均未成为她的最终归宿。

综上，马馥雅在《倾世皇妃》中最终未与任何人真正在一起，与孟祈佑的结局以“未实现”的爱情画上句号。