《凰图腾》的大结局如下：

风萤的命运：

风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了。

风燕和皇上的结局：

风燕最终回到皇宫，和皇上呆在一起，并被立为皇后。

太后的牺牲：

太后为皇上挡刀牺牲。

风燕和彩蝶的关系：

虽然风燕和彩蝶最终和解并离开皇宫，但最终风燕为了成全飞鸿和彩蝶，毅然决定回宫，并成为了皇后。

飞鸿的放弃：

飞鸿在关键时刻放弃了争夺皇位，选择与彩蝶一起离开，但最终为了保护风燕和彩蝶，同意撤兵。

这些情节共同构成了《凰图腾》的悲剧性和感人至深的结局。