重庆轨道交通主要集中在北区，主要有以下几个原因：

规划存在短板：

重庆轨道交通的绝大部分通车里程集中在北部地区，如九龙坡、南岸、巴南、沙坪坝等地区的路网密度并不高。这反映出重庆希望利用地铁带动新城发展的思路。此外，北边地形相对平坦，没有大江大河和山脉的阻隔，建设成本更低。

建设进度缓慢：

重庆是一座商住分离很严重的城市，许多人工作在北边，生活却在南边。大部分市民出行至少都要经过一座跨江大桥。然而，重庆地铁过江通道的建设进度非常缓慢，导致许多线路虽然规划到了南边，但目前运营仍然在北边打转，过江通道没有打通，南边的客流量自然无从谈起。

地形地貌限制：

重庆是山地城市，地铁大部分埋得很深，乘坐扶梯进出地铁站需要花费几分钟的时间。此外，部分地铁站设置存在问题，周边要么是人烟稀少的荒地，要么缺乏公共交通工具交通驳接，市民出地铁站后还要解决最后一公里的交通问题。

发展重心在北区：

重庆的发展重心在北区，地铁密度主要集中在长江以北。虽然人口密度在南边和西边，但客流量大的线路如1号线、3号线、6号线、10号线、4号线和5号线都集中在北区。

规划特点：

通过对规划的研究，发现重庆中心城区轨道规划具有“一大两小”的特点，其中主城核心的轨道密度最高，被称为“一大”，而位于北区的两江新区和位于西区的科学城则是“两小”。这一规划中，重庆主城核心区的轨道交通将得到加强，而科学城将成为另一个发展重点。

综上所述，重庆轨道交通主要集中在北区，主要是由于规划、建设进度、地形地貌以及城市发展重心等多方面因素的综合影响。