黄光裕在入狱后仍然能够保持国美第一大股东的位置，主要归因于以下几个因素：

股权未变：

黄光裕及其联系人通过缴纳资金申购了配售新股，维持了持股比例。例如，在2009年，黄光裕及其联系人缴纳了约5.49亿港元，申购了8.16亿配售新股，使得他们的持股比例保持在34%，继续成为第一大股东。

股东权益未剥夺：

尽管黄光裕入狱，但其在国美的股东权益并没有被剥夺。根据业内人士的说法，黄光裕在狱中依然能够通过其控股公司行使股东权利，包括参与配股和在公司内部发表意见。

市场影响力：

黄光裕作为国美电器的创始人之一，具有极高的市场影响力和品牌知名度。即使身处狱中，他的“号召力”依然很大，每次有关他可能出狱的消息传出，国美的股价都会出现波动，显示出市场对他的关注和信任。

资本运作：

黄光裕通过其控股公司进行了股份减持和资金筹集，以维持其持股比例。例如，他在2009年以1.705港元/股的价格减持了2.35亿股，筹集了约4亿港元，使得其持股比例一度下滑到33.7%，但随后通过配股等方式恢复了持股比例。

综上所述，黄光裕入狱后仍能保持国美第一大股东的位置，主要得益于其持有的股权未变、股东权益未被剥夺、市场影响力以及资本运作等多方面因素的共同作用。