在电视剧《金玉良缘》的大结局中，玉麒麟选择离开半年，主要有以下几个原因：

确认心意：

玉麒麟离开是为了让金元宝确定他的心意，是否只爱自己一个人。同时，玉麒麟也想借此机会确认自己是否真的爱金元宝。

体验无拘无束的生活：

玉麒麟从小在江湖中长大，习惯了无拘无束的生活。她认为与金元宝结婚后，这种潇洒的生活将一去不复返，因此她想要再体验一次这种自由的生活。

给彼此选择：

玉麒麟的离开也是为了给彼此一个选择的机会，希望能开始一段没有隐瞒和欺骗的爱情。她可能认为通过这段时间的分离，金元宝会更加明白自己的心意。

引出经典台词：

有观点认为，玉麒麟的离开是为了引出霍建华在剧中说的那句经典台词：“半年不见，仿佛隔了三生三世。”这句台词与《仙剑奇侠传三》中的情节有所联系，增加了剧情的浪漫氛围。

综上所述，玉麒麟的离开不仅是为了确认彼此的心意，体验无拘无束的生活，也是为了给彼此一个选择的机会，并且引出剧中的经典台词。最终，金元宝在千娇阁里找到了装扮成男子的玉麒麟，两人相见并拥吻，结束了这段美好的爱情。