火影忍者中的九尾确实有过哭的时候，原因如下：

小时候与六道仙人告别

九尾在小时候，当六道仙人即将去世时，与他告别，九尾哭了。这是九尾唯一一次落泪，当时它还很小，面对分别自然会感到难过。

向日葵的一句话

在《博人传》中，九尾因为向日葵的一句话而哭。这句话揭开了九尾内心深处的伤疤，让它再次流泪。

综上所述，九尾在《火影忍者》中哭过两次，分别是因为与六道仙人的告别以及向日葵的一句话。