鹿丸复仇vs角都飞段的故事发生在 《火影忍者》中，具体为 第三百零六话至第三百零七话。

在这一系列剧情中，鹿丸为了给老师阿斯玛报仇，与飞段展开了一场激烈的战斗。战斗开始于第三百零六话，当时鹿丸利用自己的影子模仿术将飞段引到森林深处，并布下了大量的引爆符。然而，当鹿丸的影子模仿术消失后，他立即被飞段打倒，飞段还划伤了鹿丸的脸颊，死亡的仪式再次开始。但令人意想不到的是，飞段竟然意外地杀死了自己的同伴角都。

在第三百零七话中，鹿丸和卡卡西打出了完美配合，卡卡西利用雷切取得了角都的血，随后交给了鹿丸。鹿丸来到丛林和飞段战斗，并最终打败了飞段，为阿斯玛报了仇。

因此，鹿丸复仇vs角都飞段的故事主要发生在《火影忍者》的第三百零六话至第三百零七话。