世界上第一个提出微生物理论的人是 安东尼·列文虎克（Antony van Leeuwenhoek）。他是一位荷兰的显微镜学家和微生物学的开拓者，于17世纪使用自制的显微镜观察了水样品和牙齿上的物质，发现了微小的生物体，如细菌和原生动物。他的发现对微生物学的发展产生了重大影响，并为后来的科学家奠定了基础。

尽管路易斯·巴斯德（Louis Pasteur）在微生物学领域也做出了杰出的贡献，被广泛认为是近代微生物学的奠基人，但他并不是第一个发现微生物的人。巴斯德的工作主要集中在微生物的生理、疾病和免疫学方面，他通过“实践-理论-实践”的方法，奠定了微生物学的基本研究方法，并发现了微生物与疾病之间的关系。

因此， 安东尼·列文虎克被认为是第一个提出微生物理论的人。