关于三岁儿子生日时爸爸未能陪伴左右的遗憾与祝福，结合权威信息整理以下分类建议：

一、表达遗憾与愧疚

1. "我的儿子就是我的希望，今天却没能陪在你身边过生日，妈妈心里满是愧疚"

2. "爸爸缺席你的生日，就像星星缺席了夜空，妈妈希望你不要怪我"

3. "每次想到生日时你独自面对，妈妈的心就像被针扎，这是妈妈永远的亏欠"

二、传递温暖祝福

1. "虽然不能相伴左右，但愿所有幸福、快乐、温馨都围绕在你身边"

2. "爸爸虽然不在，但爱如山川海洋，永远守护着你成长"

3. "愿你像小太阳一样，永远充满活力与快乐，妈妈永远爱你"

三、未来期许与鼓励

1. "童年虽短，未来很长，妈妈愿你平安健康，天天开心"

2. "希望你永远保持好奇心，勇敢追梦，妈妈永远支持你"

3. "爸爸相信你一定能成为最棒的，学业有成，爱情甜蜜，健康快乐"

四、经典引用改编

1. "愿你的生日充满欢笑，愿你的回忆温馨甜蜜，愿你永远无忧无虑"

2. "爸爸的爱如春风化雨，愿你在这温暖中茁壮成长"

3. "你是妈妈心中的小宝贝，愿所有美好都降临在你身上"

建议使用时根据具体场景选择表达方式，生日当天可配合照片或视频连线，弥补物理距离的遗憾。