在马尼拉桌游中，如果在第三轮船只被海贼骑劫， 具体如何处理取决于游戏的当前状态和玩家的选择。根据提供的信息，以下是可能的情况和规则：

停在13的位置上

如果船只在第三轮被海贼骑劫并停在13的位置上，海贼船长可以选择将船拉回码头，此时船按到达码头计算。

海贼船长也可以选择将船拉到船厂，即使船没有成功靠岸。

海贼船长还可以决定利益最大化，例如选择不靠岸，直接将船拉到船厂。

规则说明

游戏规则中通常会说明在第三轮被海盗劫持的情况下，船只是按到达码头还是船厂来计算。

海贼船长的决定权较大，他可以根据游戏情况进行选择，以最大化自己的利益。

其他注意事项

如果船上有空位，是否会影响海贼的劫船行为，规则中也会有相应说明。

玩家可以根据需要适当更改一些海盗的规则，以提高游戏的趣味性和挑战性。

综上所述，如果在第三轮船只被海贼骑劫并停在13的位置上，海贼船长有较大的选择权，可以根据游戏情况和自己的利益来决定将船拉回码头还是船厂。建议玩家在游戏前仔细阅读游戏规则，确保对游戏流程有清晰的了解。