《名侦探柯南》中，黑色组织出场的集数包括：

第1集《云霄飞车杀人事件》

第54集《电玩公司杀人事件》

第118集《浪花连续杀人事件》

第128集《黑衣组织十亿元抢劫事件》

第129集《来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件》

第176集《与黑衣组织的再会（灰原篇）》

第177集《与黑衣组织的再会（柯南篇）》

第178集《与黑衣组织的再会（解决篇）》

第230集《神秘的乘客（前篇）》

第231集《神秘的乘客（后篇）》

第271集《急忙掩饰的忽略（前篇）》

第272集《急忙掩饰的忽略（后篇）》

第286集《工藤新一纽约事件（事件篇）》

第288集《工藤新一纽约事件（解决篇）》

第289集《光彦森林迷失记（前篇）》

第290集《光彦森林迷失记（后篇）》

第307集《遗留的无声证言（前篇）》

第308集《遗留的无声证言（后篇）》

第309集《与黑衣组织的接触（交涉篇）》

第310集《与黑衣组织的接触（追迹篇）》

第311集

第340集《厕所里隐藏的秘密》

第341集

第43集《江户川柯南诱拐事件》

第49集《外交官杀人事件》

第50集《外交官杀人事件》

第56集《电玩公司杀人事件》

第59集《福尔摩斯迷杀人事件》

第60集《福尔摩斯迷杀人事件》

第135集《黑色组织10亿元抢劫事件》

31. 第136集《黑暗中的死角》

32. 第139集《黑暗中的死角》

33. 第181集《与黑衣组织的再会（雪莉危机）》

34. 第182集《与黑衣组织的再会（雪莉危机）》

35. 第190集《与黑衣组织的再会》

36. 第192集《生死一瞬间》

37. 第203集《被召集的名侦探!》

38. 第208集《被召集的名侦探!》