根据《倾世皇妃》的剧情发展，马馥雅对孟祈佑的感情是明确且深厚的，主要体现在以下几个方面：

情感依赖与选择

马馥雅在经历父亲被害、身陷囹圄等变故后，始终将孟祈佑视为生命中最重要的依靠。她曾表示，只要能与孟祈佑在一起，其他一切都不再重要。这种情感依赖贯穿全剧，成为她决策的核心动力。

超越表面的情感

尽管马馥雅与刘连城有婚约，但她对刘连城的情感仅停留在表面，而与孟祈佑之间则是真心的倾慕与爱慕。例如，她甘愿为孟祈佑承担复国风险，甚至在他被囚禁时仍选择陪伴，体现了超越责任的情感投入。

剧情推动的关键因素

马馥雅与孟祈佑的相遇、相知过程，是推动剧情发展的核心。从孟祈佑初次救她到后续共同经历生死考验，两人情感逐渐升华。马馥雅在孟祈佑最需要她时给予支持，进一步巩固了彼此的情感联结。

综上，马馥雅对孟祈佑的感情是真挚且深沉的，超越了婚约与利益纠葛，成为她生命中不可或缺的存在。